|
黏质沙雷氏菌plaA及plaS的生物信息学分析
王 莹, 王 洲, 章 勤, 王青青, 蒋 澜, 吴 璇,丁恒武, 刘必融, 薛正莲, 阚显照
2017 (6):
1.
磷脂酶A1是一类水解磷脂的酶类,利用生物信息学方法对磷脂酶A1基因及辅助蛋白基因进行分析,为进一步研究磷脂酶提供基础。通过对黏质沙雷氏菌plaA(Phospholipase A1)及plaS (accessory protein) 进行克隆和测序,对其核苷酸序列和氨基酸序列特征进行分析;对其蛋白质二级结构、三级结构进行了预测;同时运用ML、MP和BI 3种方法构建了系统发育树。结果表明,plaS的dN/dS的值较plaA高,所受的选择压力较小,进化速率较快;PlaA蛋白和PlaS蛋白的二级结构都以α螺旋和无规则卷曲为主;plaA与plaS联合构建的系统发育树支持率较16S单独构建的支持率高。基于plaA、plaS 和 16S 3个基因联合构建的系统发育树中,解脲沙雷氏菌和嗜线虫沙雷氏菌都与黏质沙雷氏菌聚为一支,在亲缘关系上,这两种沙雷氏菌可能跟黏质沙雷氏菌更为接近。
相关文章 |
计量指标
|