摘要:
福氏志贺菌外膜蛋白OmpA(outer membrane protein A)具有较强的免疫原性,在疫苗上有应用前景。采用MEGA(molecular evolutionary genetics analysis)软件对OmpA的系统发生分析显示,福氏志贺菌与肠道细菌间亲缘关系较其它菌属更近。利用在线软件预测OmpA为亲水的分泌型蛋白,存在多个酶切位点;采用TMHMM(transmembrane hidden markov models)Server v.2.0程序预测OmpA无跨膜结构并定位于细胞膜外;SOPMA(self-optimized prediction method with alignment)服务器预测OmpA二级结构中含无规则卷曲41.09 %,α-螺旋26.44 %,β-转角10.06%,β-片层22.41 %。通过SignalP 4.1软件分析显示,OmpA的1~21位氨基酸为信号肽序列。采用Swiss-Model程序预测的三维模型显示OmpA为桶装结构。利用ABCpred(artificial neural network based B-cell epitope prediction)和BepiPred(B-cell epitopes prediction)方案,预测OmpA存在3个B细胞表位。运用神经网络与量化矩阵法预测OmpA具有1个CTL表位。使用MHC-Ⅱ类分子结合肽在线程序预测显示OmpA具有1个Th表位。设计获得抗原性较好的OmpA蛋白重组表位多肽。为OmpA多表位串联疫苗的研究奠定基础。
刘祥. 福氏志贺菌2a型外膜蛋白A的生物信息学分析与重组表位疫苗分子的设计[J]. 生物学杂志.
LIU Xiang. Bioinformatics analysis of Shigella flexneri 2a outer membrane protein A and molecular designing of recombinant epitope vaccine[J]. .